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In Silico Modeling of Lovastatin Analogues as Inhibitors of HIV-1 Nef Protein

Currently, no method can completely eliminate the human immunodeficiency virus (HIV) in an infected person. HIV employs an accessory protein called Nef that forms a complex with cellular AP-1, preventing detection of HIV-infected cells. Lovastatin has been recently identified to inhibit the formation of said Nef-AP-1 complex, but its effective concentration is remarked to be far higher than other Nef inhibitors. This study aims to develop a modified lovastatin molecule exhibiting higher binding affinity to the HIV-1 Nef protein than lovastatin in silico. Modified lovastatin molecules based on the interaction map of lovastatin with Nef were modeled, and flexible ligand-flexible receptor docking to the Nef binding site was performed using AutoDock Vina. Residues within the Nef binding site identified by Liu et al. (2019) to be crucial (Glu-63, Val-66, Phe-68, Asp-108, Leu-112, Tyr-115) were set as flexible. Fragment-based drug design was utilized to append molecular fragments to lovastatin in order to maximize its interactions with said crucial residues. From the fragment-based approach, molecule F4 ((1S,3S)‐8‐{2‐[(2R,4R)‐4‐chloro‐6‐oxooxan‐2‐yl]ethyl}‐3‐(hydroxymethyl)‐7‐methyl‐1,2,3,4‐tetrahydronaphthalen‐1‐yl 4‐aminobenzoate) exhibited a binding affinity of -9.0 kcal/mole, and its estimated IC50 ranges between 0.25-0.51 μM which is at least 7.5 times lower than the reported IC50 of lovastatin from literature. This study presents insights on the key modifications to improve lovastatin as an HIV-1 Nef inhibitor and pertinent information about the Nef binding site for future drug development studies.

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笛音管演奏器

原本只是要製作自動笛音管演奏器,但由第一支笛音管發現當逐漸增加空氣柱長度時,原本逐漸降低的音高會突然發生音高躍升現象,而且會間隔一段又重複發生,讓我們找不出可用的較低音階。根據我們研究結果,這個現象應是由於我們給的風速、風量過大所造成,降低風速、增加笛音頭氣切角度及加大氣切口面積可以減少音高躍升現象。本研究也發現所用之笛音管其發聲存在著基音頻率偶數倍之泛音,說明著其發聲機制應符合兩端皆封閉之駐波理論,而在大風量吹奏之下,管內逐漸累積一段不容易震盪之空氣柱,隨著空氣柱增長,累積的空氣柱逐漸達到不穩定平衡的臨界點,因此產生音高突然躍升現象。

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罩能膏守-桌上型電腦內部環境散熱與防塵節能策略之研究

本研究乃是以桌上型電腦塗抺散熱膏、風扇與防塵等研究,透過散熱與防塵策略,以達到其節能效果。在散熱膏研究中發現以0.2克五點降溫效果最佳;在風扇研究中發現以「前進風與後抽風」降溫效果更佳。在不同材質的過濾棉的研究中發現以「活性碳口罩」過濾細懸浮微粒效果最佳,並以活性碳口罩「最外層」的過濾效果更佳。在總結性評估中發現,散熱膏0.2克塗佈5點且加裝兩顆風扇「前進風與後抽風」與活性碳口罩「最外層」時,其降溫效果最佳。在總結性評估時測量電腦耗能,其耗電量約為0.01度,並無增加耗能,最後電腦內部積塵厚度為1mm,耗電量約為0.05度;積塵厚度為0.1mm,耗電量約為0.01度,能有效地節能。最後研發出磁吸式口罩架,隨時為電腦戴上防塵口罩。

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液滴在垂直振動液面上的交互作用

當液滴滴落在一個靜止的液面上時,其可能會直接化入液面中,或是在液面上維持形狀過了一小段時間後才塌陷化入油面,然而,若令液面持續的垂直振動則可以使在液面上的液滴維持跳動很長一段時間(圖1),在穩定情況下甚至可以維持數小時。而這些液滴之間的交互作用模式更為有趣,包括相互吸引(圖2)、排斥,甚至是更特別的自我推進(圖3)等。本研究使用矽油做為液體,專注於兩顆矽油滴之間的平衡距離,找出它們的成因與了解相關變因對現象造成的影響。

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「液」立不「搖」~探討液體搖晃因素之研究

本研究旨在探討影響液體搖晃的因素及如何減緩液體搖晃振幅。研究中我們研發了第一代、第二代以及最後利用第三代自動式搖晃裝置,然後探討不同液體的種類、黏滯度、水量及搖晃強弱對溶液振幅的影響。實驗結果發現,溶液黏滯度越低、水量越少及搖晃強度越大時,溶液波振幅越大;除此之外,我們也進行減緩液體晃動的實驗設計。實驗結果發現:液面添加奶泡、降低容器內壁光滑度可減緩液體搖晃,溶液波減晃率最高可達26.4%。容器內放入筷子、湯匙等物品,以及利用托盤將容器分隔為多個較小區域空間,也能降低溶液波晃動,不僅如此,在容器內直立3個托盤,將容器分隔為4個小區域的方式,溶液波減晃率高達88.4%為最佳。

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尋找最佳跳豆!

跳豆為輕殼與重球組合而成,輕推能重複翻滾。本實驗分析其運動過程與模式。實驗中可發現跳豆不斷重複「殼平行斜面」與「殼翻轉」的運動模式。隨跳豆長度增加,「殼平行斜面」的鋼珠加速區變長,但翻轉時間也變長,導致飽和速度明顯較低,在有限斜坡長度下有最佳跳豆長度。本研究利用移動和轉動方程式得到翻轉期間鋼珠理論加速度,搭配實驗數據得出速度理論值與速度實驗值有相似的趨勢。隨著跳豆寬度越寬,跳豆翻轉期間鋼珠速度對時間由「V」型轉變成「W」型,出現二次加速段,且在有限斜坡距離下,跳豆有理想寬度。可翻滾的情況中,內球質量越小越快達飽和且加速減速變化量值較大。

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四彩繽紛

研究四色定理時,我們先找出四種基本圖形,再探尋塗色方法,並且以此四種基本圖形來探討複雜圖形。發現可將複雜圖形分解成簡單的上下層、放射狀、中央有色塊的放射狀及同心圓等四種基本圖形,並依區塊編號,以相鄰不同色的原則找出各區塊對應的色塊,大部份基本圖形可用3色填滿,只有中央有色塊的奇數放射狀圖形會用到4色。合併基本圖形時,因先處理的基本圖形,限制了相鄰色塊的選擇,才會用到4色。將發現的方法驗證到複雜圖形上,不但用4色破解了兩位學者發表的只能用5色的多層同心圓、中央有色塊的奇數放射狀複雜圖形,並找到了規則。最後我們以此規則完成只用四色來著色,成功挑戰世界、歐洲、台灣鄉鎮巿地圖及網路上的纏繞畫。

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綠電愛地球-葉綠素電池之探討

近年來國際各國紛紛提出新興能源與綠能相關之研究,而為了因應再生能源發電量不穩定,必須搭配儲能設備使電力輸出穩定,進而發展出許多儲能產品,在儲能系統中又因為電動車備受注目,使得電池設備最具話題性。本研究主要為探討葉綠素電池於不同操作變因下對電池性能之影響,藉以尋找最佳數據資料組合的條件並硏發性能最佳之葉綠素電池。因葉綠素電池可藉由酒精從植物葉片中萃取葉綠素溶液,不僅可以避免過多之能源消耗以及環境污染,同時期望將來能成為具有高安全及低成本的新能源系統。

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探討組蛋白脫乙醯酶HDAC7對於癌細胞DNA損傷修復機制之影響

DNA損傷導致的基因體不穩定是癌症的共同特徵,而細胞依賴DNA損傷反應 (DDR) 來感知和修復受損的DNA,以維持基因體完整。DDR由DNA損傷傳感信號和修復網絡組成, DDR的活化可阻滯細胞週期並啟動DNA修復,是應對DNA損傷的關鍵步驟。其過程受許多因素調控,包括多種轉譯後修飾如乙醯化、脫乙醯化、小泛素化等。HDAC7是組蛋白脫乙醯酶,該家族成員有多個已被證實參與DDR且在多種癌細胞中常過量表現。最近研究發現HDAC7具小泛素蛋白E3連接酶活性,但相關研究甚少,因此欲探討HDAC7在DDR所扮演的角色。 本研究使用西方墨點法、免疫螢光染色、流式細胞儀分析、細胞存活率測試和細胞群落形成能力實驗,發現以RNAi技術將細胞的HDAC7基因沉默後會降低DNA損傷引起的ATR-Chk1及ATM-Chk2訊號強度,使不能有效率活化檢查點,並對DNA損傷藥物較敏感。由以上結果顯示,HDAC7有潛力做為抗癌藥物研發的新目標。

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國中生的清澀柿件

秋天的柿子令人垂涎欲滴,但如果吃到未處理的柿子,會讓舌頭酸澀麻木。進入國中學習到科學方法與媒體辨識,我們想找出讓牛心柿由澀味變美味的方法,並驗證祖傳及網路流傳的「柿子脫澀」的方法是否為真。由長輩種植牛心柿的經驗,我們設計實驗,探討浸泡液溫度、種類及攪拌與否對牛心柿脫澀的影響,也採用混果、刺傷、沾點蒂頭等變因。脫澀的表現以口感紀錄暨以自製氯化鐵試紙和單寧反應後的顏色變化紀錄。實驗中我們發現:1.常溫下以氣泡水浸泡柿牛心柿脫澀效果最佳;2.混果或刺傷能催熟牛心柿,但無法脫澀,證實網路流傳果實軟熟可減低澀味的說法為偽;3.網路流傳及前人經驗的傳承不一定為真,必須經過科學方法的驗證或改良。

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逆境中的繁「跖」—探討圓葉鴨跖草的繁殖策略及苞片泌汁之功用

本研究將圓葉鴨跖草的花類型分為雄花、大苞片兩性花、不孕兩性花、地下閉鎖花及直立莖、短匍莖小苞片兩性花。研究影響花性別比例的變因實驗中採用每天紀錄花朵的方式進行,在前兩個生長階段花比例沒有顯著改變,第三階段則因為植物大量換葉因此著重於開所需養分較少的兩性花。在環境極好及極壞的情況下繁殖方式會偏向自花授粉。從照度變因實驗中,得出日照是此植物的重要開花因素。圓葉鴨跖草自花授粉與異花授粉的結實及結種率沒有顯著差異,因此此植物不需考慮到自花授粉及異花授粉繁衍後代的成功機率,此植物較難以風傳播花粉,因此推論其為蟲媒花。推論苞片的功用是保護花苞及果實不被雨水等因素破壞,泌汁則是提供養分給果實吸收成長。

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尼與震的交會-球型阻尼器性質應用之研究

科學家們研究出阻尼器用來減震,但未固定圓底的裝置容易晃動卻較少研究,本研究用力矩和能量原理探究在阻尼器能防圓底震動的效果。我們雷切壓克力板製作出半圓,再用3D列印印出阻尼球,改變施放角度,擺長,擺重,並透過Tracker分析移動軌跡,進而計算週期T、對數衰減率log decrement、角頻率ω、阻尼比damping ratio、指數衰減率α、Q、阻力係數r。研究結果發現模型晃動後,仍符合指數衰減,阻尼球可以降低合力矩,亦符合類簡諧運動(合力矩和位移相關),而擺長對減震效果有限,擺重則因有慣性,效果也有限,我們提出理論模型來解釋上述現象。未來可持續嘗試類簡諧運動模式,擺錘重量的影響,水中複雜運動的模式。

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